ANNEX
Location: Upstate New York
Das Annex ist ein alter Bunker, der in kaum einem Dokument von S.H.I.E.L.D. je Erwähnung fand. Getarnt als einfache Scheune, befindet sich tief unter der Erde ein Lager, in dem sich beschlagnahmte Waffen und Alientechnologie befindet.
Bei dem Aufstieg von Hydra blieb das Annex unbeschadet.
   

AREA 13
Location: Pine Barrens, New Jersey
Unterhalb der sogenannten Kiefernödnis befindet sich eine große, hochmoderne Anlage, die Area 13 heißt. S.H.I.E.L.D. "inhaftiert" dort sämtliche hochgefährlichen Kreaturen, die auf der Erde zu finden sind oder waren.
Auch wenn es zu S.H.I.E.L.D. gehört, hat S.T.A.K.E. die Leitung der Area.
   

AREA 51
Location: Alamo, Nevada
Gegründet als eine Basis für die US Air Force, übernahm S.H.I.E.L.D. die Leitung von Area 51 bereits in den 1950er Jahren. Das Raumschiff, welches 1947 in Roswell landete, wurde hier aufbewahrt und untersucht. S.H.I.E.L.D. versuchte hier 1955 einen Kernfusionsreaktor zu entwickeln.
Die Einrichtung war kurzzeitig, zugunsten von "Area 52", stillgelegt, jedoch in den 1960ern wieder eröffnet.
   

COCOON
Location: Brooklyn, New York City
Der Cocoon ist eine geheime Trainingsbasis für Menschen, mit besonderen Fähigkeiten wie zum Beispiel Mutanten oder Inhumans. Nach außen hin handelt es sich um ein großes Fabrikgelände. Menschen, die sich hier befinden müssen, ist es untersagt den Cocoon zu verlassen.
Die Einrichtung wurde gegründet, als die Inhumans erwachten.
   

COULSON ACADEMY
Location: Washington, D.C.
Die Coulson Academy wurde im Jahr 2020 fertiggestellt und eröffnet. Anders, als in der Vergangenheit, werden in dieser Academy alle Bereiche rund um künftige S.H.I.E.L.D.-Agenten ausgebildet. Melinda May wurde zur Direktorin der Academy ernannt.
Benannt wurde die Academy nach dem verstorbenen Phil Coulson.
   

CUBE
Location: Cheyenne Mountain, Colorado
Der Cube ist ein Hochsicherheitsgefängnis von S.H.I.E.L.D., in welchem Gefangene mit übermenschlichen Kräften gefangen gehalten werden. Beim Aufstieg von Hydra wäre der Cube beinahe gefallen, jedoch gelang es den Agenten, Hydra in die Flucht zu schlagen und den Cube zu halten.
Nur die wenigsten Agenten wissen, wo sich der Cube befindet.
   

FRIENDSHIP
Location: Antarktis
Friendship ist eine Einrichtung, die bereits in den 1960ern aktiv war. Sie wurde einige Jahre später komplett aufgegeben, blieb jedoch intakt. Sie wurde, nach Hydras Aufstieg, durch S.H.I.E.L.D. reaktiviert und modernisiert. Hier werden nahezu alle Daten von S.H.I.E.L.D. gesammelt.
Friendship ist ein Failsafe-Ort, sollte die Organisation noch einmal drohen zu fallen.
   

HOTSPOT
Location: Île-de-France, Frankreich
Der Hotspot ist eine Geheimbasis, die von Nick Fury zu Beginn der Jahrtausendwende errichtet wurde. Sie befindet sich gänzlich unter der Erde und gilt als eine der wichtigsten Kommandoposten. Vom Hotspot aus werden alle Operationen geleitet, die in Europa stattfinden.
Die Hauptsprache im Hotspot ist Englisch, gefolgt von Französisch.
   

HUB
Location: Alaska
Der Hub ist eine der größten Einrichtungen von S.H.I.E.L.D. und dient als eines von drei primären Hauptquartieren. Nach der Zerstörung des Triskelion war der Hub kurzzeitig das einzige sichere Gebäude der Organisation. Es war kurzzeitig in der Hand der US Armed Forces.
Der Hub dient größtenteils für den Backend Support bei Operationen.
   

LIGHTHOUSE
Location: Lake Ontario
Das Lighthouse ist nach außen hin ein normaler Leuchtturm, jedoch befindet sich unter ihm ein gigantischer Bunkerkomplex. Ursprünglich wurde das Lighthouse im Jahr 1972 stillgelegt und verlassen, was bis in das Jahr 2017 anhielt. Seitdem ist es wieder in Betrieb.
Das Lighthouse diente kurzzeitig als Hauptquartier für S.H.I.E.L.D..
   

NEW YORK HQ
Location: New York City
Nach der Reorganisation von S.H.I.E.L.D. wurde ein Gebäude in New York City für die Organisation gekauft, komplett umgebaut und zu einem von drei Hauptquartieren ernannt. Auch wenn es deutlich kleiner ist als die anderen Basen, werden hier eine Vielzahl an Geheimnissen aufbewahrt.
Nach außen hin wirkt es wie ein normales Bürogebäude.
   

PROVIDENCE
Location: Ontario, Kanada
Bei Providence handelt es sich um eine komplett autarke Basis, die vollständig von der Außenwelt abgeschnitten ist. Sie wurde von Nick Fury für den Notfall eingerichtet und operiert unabhängig von der restlichen Organisation. Sie war einer der Rückzugsorte während des Aufstiegs von Hydra.
Selbst die hochrangigsten Agenten wussten teilweise nichts von Providence.
   

RETREAT
Location: Rocky Mountains (Colorado)
Bei Retreat handelt es sich um eine abgelegene Hütte in der Wildnis der Rocky Mountains. Es ist ein strenggeheimer Ort, der durch Bruce Banner gebaut wurde und sogar dem Hulk standhalten würde. Sein Sinn ist es, Wesen mit übermenschlichen Fähigkeiten vorerst einen Unterschlupf zu bieten.
Die Wände sind teilweise aus Vibranium gemacht.
   

SLINGSHOT
Location: New Mexico
Die Slingshot ist eine strenggeheime Einrichtung, von der nicht einmal jeder Agent weiß. Sie ist speziell für die Lagerung und Entsorgung gefährlicher und/oder außerirdischer Objekte gedacht. Nach dem Aufstieg von Hydra wurde Slingshot komplett versiegelt, mittlerweile aber wieder reaktiviert.
Die Slingshot befindet sich komplett unter der Erde und ist nicht von oben ersichtlich.
   

TRISKELION
Location: Washington, D.C.
Das Triskelion ist, neben dem Hub und dem New York HQ, eines der originalen Hauptquartiere und wurde im Jahr 1979 fertiggestellt. Im Jahr 2014 wurde das Triskelion nahezu komplett zerstört, jedoch wurde es 2020 wieder aufgebaut und in Betrieb genommen.
Unterhalb des Triskelion gibt es genug Platz für mehrere Helicarrier.