In der modernen Ära wurde S.H.I.E.L.D., nach einer Begegnung mit Captain Marvel, von Nick Fury, einem vormals hochrangigen Agenten der Organisation, und dem World Security Council geleitet. Sie standen einem starken Anstieg an übermenschlichen Individuen, gefährlicher Technologie und außerirdischen Bedrohungen gegenüber. Alle Änderungen, die über die Jahre hinweg durchgeführt wurden, um die Welt sicherer zu machen, führten letztlich zur Gründung der Avengers, die ursprünglich als Reaktionsteam auf die außerirdische Invasion der Erde im Jahr 2012 ins Leben gerufen, jedoch bereits viel früher von Nick Fury geplant worden waren. Nach der Schlacht von New York wurde S.H.I.E.L.D., das bis dato gänzlich unbekannt für die Öffentlichkeit war, durch die Gruppe Rising Tide teilweise öffentlich bekannt gemacht.
2014 waren es Nick Fury selbst und Natasha Romanoff, die herausfanden und offenlegten, dass S.H.I.E.L.D. seit jeher von Hydra infiltriert und weitgehend kontrolliert wurde. Es folgte eine Schlacht, welcher eines der S.H.I.E.L.D.-Hauptquartiere – das Triskelion – zum Opfer fiel und die US-Regierung dazu zwang, S.H.I.E.L.D. als Terrororganisation einzustufen. Trotz der Jagd auf die Agenten hielten treue Mitglieder, die nicht zu Hydra gehörten – wie Phil Coulson –, die Stellung und versuchten, der Regierung im Verborgenen zu helfen. Trotz aller Bemühungen wurde S.H.I.E.L.D. noch im gleichen Jahr offiziell aufgelöst. Im Untergrund wurde die Arbeit jedoch mit Phil Coulson und später mit Alphonso Mackenzie als Direktor fortgeführt. Es dauerte bis 2019 – ein Jahr nach Thanos' Snap –, bis die US-Regierung sich offiziell dazu entschied, S.H.I.E.L.D. erneut der Öffentlichkeit bekannt zu geben.
um Schlimmeres zu verhindern.
Cameron Klein ist der Enkel von Stanley Klein, einem Veteranen der Howling Commandos, und dient als Techniker bei S.H.I.E.L.D., der sich, während Hydras Angriff auf das Triskelion, mutig auf die Seite von Captain America stellte. Später wurde er persönlich von Direktor Mackenzie in das neu aufgebaute S.H.I.E.L.D. zurückgeholt und unterstützt seitdem dessen geheime Operationen.
Elena Rodriguez ist eine Inhuman mit der Fähigkeit, sich mit Überschallgeschwindigkeit zu bewegen – allerdings immer nur in einem kurzen Radius. Als ehemalige Polizistin in Kolumbien schloss sie sich später S.H.I.E.L.D. an und wurde Teil von Coulsons Team. Im Kampf gegen übernatürliche und außerirdische Bedrohungen wuchs sie zur erfahrenen Agentin heran und übernahm zunehmend Verantwortung.
Erik Selvig ist ein norwegischer Astrophysiker, der ursprünglich für ein internationales Forschungsprojekt arbeitete, bevor er durch seine Studien zum Tesserakt mit S.H.I.E.L.D. in Kontakt kam. Nachdem er unter Lokis Gedankenkontrolle stand, kehrte er später zurück und wurde offiziell Teil von S.H.I.E.L.D., wo er an Projekten mit kosmischer und dimensionaler Relevanz mitarbeitet.
Phil Coulson ist ein synthetischer Life-Model Decoy, erschaffen von Fitz, Simmons und Enoch mithilfe von Chronicom-Technologie. Ausgestattet mit den Erinnerungen des originalen Coulson, wurde er reaktiviert, um S.H.I.E.L.D. bei der Abwehr der Chronicom-Bedrohung durch die Zeit zu unterstützen. Obwohl er sich seiner künstlichen Natur bewusst ist, bleibt er ein verlässlicher Anführer, Verbündeter und S.H.I.E.L.D.-Agent.
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