Doch mit wachsendem globalen Druck, politischen Spannungen und offener Gewalt änderte sich die Lage. Die X-Men traten in Erscheinung, als die Schule selbst Ziel eines Angriffs der Purifiers wurde – einer fanatisch mutantenfeindlichen Gruppierung. Der Anschlag kostete viele Leben und machte die Existenz der Mutanten weltweit sichtbar. Inmitten des Chaos enthüllten die X-Men in einer öffentlichen Erklärung die Existenz von Krakoa, einer lebendigen Insel, die fortan als neue Heimat der Mutanten dienen sollte. Krakoa wurde nicht nur Rückzugsort, sondern ein politischer Akteur. Die X-Men agieren seither zwischen den Welten: als Hüter einer Spezies, als Vermittler zwischen Misstrauen und Hoffnung – und immer häufiger als Verteidiger gegen jene, die in Mutanten keine Menschen, sondern Bedrohung sehen. Während die Bruderschaft der Mutanten zunehmend radikale Wege verfolgt, versuchen die X-Men, das Gleichgewicht zu wahren – auch wenn es sie selbst an ihre Grenzen führt.
Alex Summers ist der jüngere Bruder von Scott Summers, von dem er, nach dem angeblichen Tod ihrer Eltern, getrennt wurde. Lange wusste er, aufgrund des Flugzeugabsturzes, nichts von seinem Bruder, doch mit der Hilfe von Professor Charles Xavier wurden die beiden, nach dem Blip, wieder vereint. Heute ist er Teil der X-Men und hilft den Mutanten auf Krakoa beim Neuaufbau ihrer Leben.
Anna Marie, auch bekannt als Rogue, ist die Adoptivtochter von Mystique und war früher Mitglied der Brotherhood of Mutants. Nach einem Bruch mit ihrer Vergangenheit schloss sie sich den X-Men an und kämpft seither für ein besseres Zusammenleben von Mutanten und Menschen. Trotz ihres jungen Alters übernimmt sie mittlerweile auch Verantwortung Xaviers Schule, sowie für die Mutanten auf Krakoa.
Emma Frost stammt aus einer wohlhabenden Familie, wandte sich jedoch früh von ihrem privilegierten Leben ab und wurde zur White Queen des Hellfire Club. Nach mehreren Auseinandersetzungen mit den X-Men verließ sie die Organisation mit Hilfe von Professor X und schloss sich ihnen an, wo sie seither als Mentorin, Telepathin und strategische Führungspersönlichkeit eine Schlüsselrolle einnimmt.
Forge wurde in einen Stamm der Cheyenne hineingeboren und diente mehrere Jahre im U.S. Militär, bevor ihn ein traumatischer Einsatz zum Umdenken brachte. Nachdem er sich zurückzog, entwickelte er fortschrittliche Technologien und wurde durch Charles Xavier Teil der X-Men. Dort ist er heute als brillanter Tüftler und Entwickler zentraler Ausrüstung wie Cerebro und des Danger Rooms kaum wegzudenken.
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